树鼩基因组数据库

中缅树鼩（Tupaia belangeri）目前隶属于攀鼩目，广泛分布于南亚、东南亚和中国西南部。几十年来，树鼩作为灵长类动物的近亲，在模拟人类疾病方面引起了越来越多的关注。在肝炎病毒感染、近视、社会压力和抑郁等生物医学研究中，它已被用作啮齿动物模型和灵长类动物模型的替代品。

创建了树鼩基因组数据库包含中缅树鼩参考基因组的全面注释（KIZ 版本 1.0：基于 79 x 高质量 Illumina 二代测序数据组装而来的高质量参考基因组 [Nat Commun 2013]；KIZ 版本 2.0：利用长读长单分子测序和 Hi-C 技术组装完成的染色体水平基因组；KIZ 版本 3.0：通过大规模RNA测序和长读长转录组测序。现已升级到了3.0版本，新增内容包括了非编码元素的注释，如环状RNA（circRNA）和核线粒体DNA片段（NUMTs）；13个正常组织和三种类型细胞的基因表达模式；树鼩基因组群体遗传变异等信息；树鼩基因组核内线粒体DNA片段和环状RNA序列数据等。该数据库还集成了多个常用程序，例如Gbrowse、Blast、Genewise、Muscle，以方便基因序列分析。该数据库能够为研究树鼩生物学和利用这种新兴的实验动物模拟人类疾病提供更多基础数据。

我们希望树鼩数据库能够为研究树鼩生物学和利用这种新兴的实验动物模拟人类疾病提供更多基础数据。

数据库链接：

树鼩基因组数据库3.0 （http://www.treeshrewdb.org/)

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